3、腐熟的有機肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還含有固氮菌、硅酸鹽細菌、溶磷菌、光合細菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產生大量活性物質的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抗拒植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態環境的能力。此外，生物有機肥施入土壤后，能夠調節土壤中微生物的區系組成，使土壤中的微生態系統結構發生有益改變。
4、生物有機肥料中含有固氮微生物，該類微生物可通過其中固氮酶的作用將空氣中的氮還原為可被作物吸收利用的成份，是作物提供氮素營養的一條重要途徑。此外，生物有機肥中還添加了一些數量的溶磷微生物和硅酸鹽細菌，施入土壤后經增殖并與其他土壤微生物協同作用，可分解土壤中某些原次生礦物，并同時將這些礦物所固定的磷、鉀等養分釋放出來，把無效態磷、鉀轉化成可供作物吸收利用的有效態養分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。
